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日清戦争の軍令を担う山本権兵衛は、開戦に備えて陸軍参謀本部から海軍軍令部の分離独立を断行、海軍の陸軍からの分離独立の総仕上げを果した。陸軍における参謀本部と同様に、天皇直属機関として統帥権を輔弼する権能が与えられ、後に統帥権干犯問題など軍部が政府を脅かす道具となる。