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「血清療法」の発明で世界的細菌学者となった北里柴三郎は1892年ドイツから帰国したが、留学中に緒方正規教授の「脚気病原菌説」を否定したことから東大医学部閥が牛耳る日本医学会で「恩知らず」扱いされ、愚かなことに凱旋した母国で締出しを喰った。脚気病原菌説は後に誤りと判明するが、当時は医学先進国ドイツで優勢であり、ドイツ医学を信奉する東大医学部閥の石黒忠悳・森鴎外・緒方正規らが強硬に擁護しており、「象牙の塔」の日本医学会で北里柴三郎の行為は反逆と見做された。日本が誇るべき北里柴三郎の苦境を知った慶應義塾の福澤諭吉は、森村財閥(ノリタケカンパニーおよびTOTOの前身)創業者の森村市左衛門らの出資を得て1892年「伝染病研究所」を開設し浪人の北里を所長に迎えた。が、骨抜きを図る東大閥は1899年内務省管轄「国立伝染病研究所」へ改組させ、1914年北里柴三郎に無断で文部省へ移管し東大医学部に吸収、北里所長以下全職員が一斉辞任する騒ぎとなった(伝研騒動)。伝染病研究所を乗取られた北里柴三郎は私費を投じて「北里研究所」を設立、北島多一(第2代慶應義塾大学医学部長・第2代日本医師会会長)・志賀潔(「赤痢菌」発見者)・秦佐八郎(梅毒特効薬「サルバルサン」発明者)ら錚々たる研究員を擁し狂犬病・インフルエンザ・赤痢・発疹チフスなどの血清開発と伝染病研究を継続した。東大閥と対立しつつ実力通り日本医学界の重鎮となった北里柴三郎は、日本最初の結核サナトリウム「土筆ヶ岡養生園」(北里研究所病院の前身)・日本結核予防協会・貧民救済のための「恩賜財団済生会芝病院」(現東京都済生会中央病院)を創設し、1916年には全国府県医師会の統合により「大日本医師会」を発足させ初代会長に就任した(1923年法定化され「日本医師会」へ改称)。また北里柴三郎は亡き福澤諭吉の恩義に報いるため、慶應義塾大学医学科(医学部)の創設を主導し初代学部長兼付属病院長に就任、慶應教授陣には北里研究所から北島多一・志賀潔・高野六郎ら有名研究者を続々派遣し、生涯無給で発展に尽くした。