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台風で遭難した琉球藩御用船が台湾に漂着、乗員54名が先住民により惨殺された。明治政府は清政府に事件の賠償などを求めたが清政府は台湾は「化外の民」としてこれを拒絶、日本で台湾征討の機運が高まった。この事件を知った清アモイ駐在のアメリカ総領事チャールズ・ルジャンドルは「野蛮人を懲罰するべきだ」と明治政府を煽った。大久保利通は、佐賀の乱勃発で政治問題化した不平士族のガス抜きに丁度良いと考え台湾出兵を決断、参議の大隈重信を台湾蕃地事務局長官、陸軍中将西郷従道を台湾蕃地事務都督に任命して軍事行動の準備に入った。こうした薩摩系の動きに対し、長州系は征韓論を廃しておきながら台湾出兵を行うのは矛盾するとして反対し木戸孝允が参議を辞任し下野した。慌てた大久保政府は中止を決定したが、西郷従道が旧薩摩藩士を中核とする征討軍3千名を組織し台湾出兵を強行、大久保は已む無しの態で追認を与え、征討軍は瞬く間に台湾を制圧した。清はイギリス駐日行使パークスを抱込んで抗議したが、大久保が自ら北京に乗込み交渉した結果、清は台湾出兵を「保民の義挙」と認め遭難民への見舞金10万両(テール)及び戦費賠償金40万両の計50万両を日本側に支払うこと、これと引換えに日本は征討軍を撤退させることに合意した。政権運営に長州閥首領を欠かせない大久保利通は、伊藤博文・井上馨を遣わして木戸孝允を慰撫し立憲政体樹立・三権分立・二院制議会確立の条件を呑んで参議に復帰させた。