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明治維新直後から首都をどこに置くかで議論が百出した。当初は大久保利通らの大阪遷都論が優勢であったが、戊辰戦争後の東国鎮撫という実際的な要請から明治天皇が東京に移され、天皇親政の建前から東京に政府(太政官)が置かれた。現在に至るまで一度も東京遷都の勅は出されておらず、「京都首都論」の論拠となっている。なお木戸孝允は、天皇の動座にあわせて京都と東京の両方を首都とする折衷案を示した。