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御陵衛士残党に狙撃され負傷した近藤勇に代わり土方歳三が新撰組を率いて鳥羽伏見合戦を闘ったが、薩長軍の洋式銃器の前に為す術なく敗退、多くの死傷者を出すと共に隊士の脱走も相次ぎ新撰組は実質上壊滅した。土方歳三らは大阪城へ退き会津藩士と共に徹底抗戦を主張したが、大将の徳川慶喜は松平容保・定敬を連れて大阪城を脱出し江戸へ逃げ帰り、近藤・土方らは幕府軍艦富士山丸に乗込み後を追った。江戸城に登城した土方歳三は、鳥羽伏見の戦いについて尋ねた幕閣に対し「洋式軍備でなければ歯が立たず刀槍は一度も使わなかった」と報告した。新撰組隊士から「鬼の副長」と恐れられた土方歳三だが、浪士統率の重荷を下したためか、武士と刀への執着を捨てたためか分からないが、戊辰戦争で転戦するうちに穏やかになったという。さて、徳川慶喜・勝海舟に江戸から追払われた新撰組の残党を中核とする「甲陽鎮撫隊」が甲州勝沼に進出した東山道軍に挑むが、官軍は圧倒的な洋式軍備と参謀板垣退助の指揮により僅か1日で潰走させた。敗走中に離脱した永倉新八らは靖兵隊を称して会津へ奔り、原田左之助は上野彰義隊に合流、沖田総司は結核の病状が悪化し開戦前に江戸に戻されていた。近藤勇・土方歳三は江戸へ退いて兵を募り下総流山に屯集し再起を図ったが、香川敬三率いる官軍に包囲され近藤は投降、土方は江戸へ脱出し勝海舟らに近藤の助命を嘆願するが黙殺され、偽名を見破られた近藤は板橋刑場で斬首され首は京都三条河原に晒された。徹底抗戦に燃える土方歳三は島田魁らと江戸へ潜行し大鳥圭介の幕府陸軍に合流、斎藤一に新撰組残党を託し会津へ先発させた。